Το ενδοκράνιο bypass είναι το νευροχειρουργικό ισοδύναμο του bypass των στεφανιαίων και πρωτοεφαρμόσθηκε στη δεκαετία του 1970. Σε αυτήν τη χειρουργική επέμβαση, ο νευροχειρουργός χρησιμοποιεί άμεσα ή έμμεσα ήδη υπάρχοντα αγγεία, προκειμένου να ενισχύσει την αιματική ροή σε σημεία του εγκεφάλου που έχουν χάσει την αιμάτωση τους.  Οι διάφορες τεχνικές ενδοκράνιου bypass εφαρμόζονται σε ασθενείς με μεγάλα ανευρύσματα που δεν έχει καταστεί και δυνατόν να αντιμετωπιστούν με ενδαγγειακές ή κλασικές ανοιχτές μεθόδους, σε ασθενείς με νόσο Moya-Moya καθώς και σε αυστηρά επιλεγμένες περιπτώσεις κατά την αφαίρεση εγκεφαλικών όγκων. Προεγχειρητικά χρειάζεται ψηφιακή αγγειογραφία για τη λεπτομερή απεικόνιση των αγγείων.